Cabrera, amb una parella per cada 1,7 quilòmetres de costa, és la zona de la Mediterrània amb més densitat d'àguiles peixateres. En total, a l'illa hi ha set parelles.

A la Mediterrània, a part de a les Balears, aquesta espècie només es troba a l'illa de Còrsega, amb una parella cada tres quilòmetres de costa (en total hi ha 25 parelles) i la costa marroquina, amb un parell d'àguiles cada dos (20 parelles en declivi). L'àguila peixatera, tal com ha informat la Conselleria de Medi Ambient, Agricultura i Pesca, és l'au rapinyaire més escassa de l'Estat espanyol, amb un total de 60 parelles en tot el territori.

Quan es va declarar el Parc Nacional de Cabrera, nidificava només una parella. Les mesures de protecció aplicades, la tranquil·litat de què gaudeixen les àguiles gràcies al control de la navegació i dels visitants, així com la riquesa en peixos de les aigües ha permès un increment de la població, segons la Conselleria. Cada any, tècnics de la Conselleria, agents de medi ambient i ornitòlegs del GOB anellen i col·loquen emissors a les àguiles joves per al coneixement sobre l'espècie.

Un factor clau en l'evolució positiva de la població de l'espècie (que ha reocupat Eivissa, i incrementa els seus efectius a Mallorca cada any) ha estat la correcció de torres elèctriques on s'electrocutaven. La Conselleria ha destacat que la seva presència a la costa de Palma és regular i s'observen amb molta freqüència des de Cala Gamba fins al port.